Franz von Werra wurde als siebtes von acht Kindern einer Schweizer Adelsfamilie im Kanton Wallis geboren. Sein Vater war der Notar Leo Baron von Werra und seine Mutter war Henriette, geborene von Wolff. Aufgrund finanzieller Schwierigkeiten mussten Franz (im Alter von 15 Monaten) und seine Schwester Emma-Charlotte zur Adoption freigegeben werden. Sie kamen in die kinderlose Familie des preußischen Majors Oswald Carl und dessen (vormals jüdischer, später zum Katholizismus konvertierten) Ehefrau Louisa Baronin von Haber nach Deutschland. Dort erlebte er seine Kindheit zunächst in der Villa Donaueck (heute Haus „Maria Trost“) in Beuron. Im Jahre 1925 siedelte die Familie dann nach Köln über. Doch 1932 war auch diese Familie finanziell ruiniert; die Adoptiveltern trennten sich. Franz von Werra versuchte, als blinder Passagier auf dem Frachtschiff Niederwald über Hamburg nach Amerika zu gelangen, wurde aber dabei entdeckt. Als er erfuhr, dass er als Kleinkind adoptiert worden war, nahm er als 18-Jähriger seinen Geburtsnamen wieder an. Er verließ das Gymnasium und besuchte, nach verschiedenen Gelegenheitsarbeiten, im Sommer 1933 die Sportschule der SA in Hamm. 1934 wurde er zum SA-Führer ernannt und benötigte den Ariernachweis. Durch seine Recherchen (der Pfarrer von Sankt Stephan in Leuk stellte ihm schriftliche Ahnen-Nachweise aus) erfuhr Franz von Werra Einzelheiten von seiner biologischen Familie pr-Text.