Der Film handelt von zwei unzertrennlichen jungen Mädchen, die beide Marie heißen (offensichtlich ist die eine die Doppelgängerin oder das tiefenpsychologische Spiegelbild der anderen) und eines Tages beschließen, angesichts der Pervertiertheit der Welt selber ein pervertiertes Leben zu führen. Sie ersinnen zahlreiche Tricks, um die Gesellschaft hinters Licht zu führen; sie stiften Verwirrung in einem Nachtclub, nutzen reiche Spießbürger aus, stehlen Geld aus Schubladen. Sie führen ein Leben des reinen Parasitentums und in ihrer Begierde des übermäßigen Essens drückt sich die Lust, sich selbst und diese Welt zugrunde zu richten, am eindrücklichsten aus.Am Schluß sieht man dann auch beide, in Zeitungspapier eingeschnürt, wie hilflose Pakete auf einem Tisch liegen. Das allegorische Lehrstück im Stil einer grotesk-bizarren Komödie bezeichnete die Filmemacherin selbst als burleskes philosophisches Dokument. Durch ihre Aktionen halten die beiden Mädchen einer in Selbstzufriedenheit erstarrten Welt den Spiegel vor. Zudem ist "Tausendschönchen" ein Beitrag zur Selbsreflexion des Mediums Film; 1966 war er einer der radikalsten und modernsten Filme, Vera Chytilova gilt als Mitbegründerin der tschechoslowakischen "Neuen Welle".